دلایل مختلفی در بروز سقط جنین نقش دارند، با این حال در اغلب موارد علت آن مشخص نمی‌شود.
در صورتی که سقط جنین در سه‌ماهه‌ی اول بارداری رخ بدهد، معمولاً به دلیل وجود مشکلاتی در جنین (foetus) است. تقریباً از هر ۴ سقط جنین، ۳ مور از آنها در این دوره اتفاق می‌افتند.
در صورتی که سقط جنین بعد از سه‌ماهه‌ی اول بارداری رخ بدهد، احتمالاً به دلیل وجود بیماری‌های زمینه‌ای در مادر اتفاق می‌افتد.
این نوع سقط جنین معمولاً به دلیل وجود عفونت در اطراف جنین نیز رخ می‌دهد، که سبب پاره شدن کیسه‌ی آب، قبل از بروز هرگونه درد یا خونریزی می‌شود. گاهی اوقات، به دلیل باز شدن زود‌هنگام گردن رحم نیز این اتفاق رخ می‌دهد.
