با توجه به اهمیت کنترل کیفیت در کسب نتایج مطلوب آزمایشها، دپارتمان کنترل کیفیت آزمایشگاه نانو زیر نظر پزشکان آزمایشگاه و متخصصین آسیب شناسی بالینی و به صورت مستقل ایجاد شده است.
به این منظور، کلیه بخشهای فنی آزمایشگاه پاتوبیولوژی نانو مجهز به نرمافزار مستقل کنترل کیفی برای ارزیابی عملکرد هستند. کنترل کیفی در سه سطح داخلی، خارجی، و سیستم مدیریت کیفیت انجام میگیرد.