با توجه به اهمیت کنترل کیفیت در کسب نتایج مطلوب آزمایش‌ها، دپارتمان کنترل کیفیت آزمایشگاه نانو زیر نظر پزشکان آزمایشگاه و متخصصین آسیب شناسی بالینی و به صورت مستقل ایجاد شده است.
به این منظور، کلیه بخش‌های فنی آزمایشگاه پاتوبیولوژی نانو مجهز به نرم‌افزار مستقل کنترل کیفی برای ارزیابی عملکرد هستند. کنترل کیفی در سه سطح داخلی، خارجی، و سیستم مدیریت کیفیت انجام می‌گیرد.
در این بخش کلیه آزمایش‌های روزانه از نظر فنی و علمی کنترل و ارزیابی می‌شوند و با استفاده از روش‌ها و منحنی‌های کنترل کیفی رایج، صحت آزمایش‌ها مورد بررسی قرار می‌گیرند. در کنترل کیفیت داخلی بخش‌ها، بعضی از نمونه‌هایی که قبلاً به عنوان مجهول آزمایش شده‌اند انتخاب شده و با مشخصات جدید به بخش مربوطه ارائه شده و نتایج آن با نتایج اصلی بیمار مقایسه می‌شود.
تمامی تجهیزات اندازه‌گیری حجمی، وزنی، گرمایشی، سرمایشی، و تجهیزات اتوماتیک مورد استفاده در آزمایشگاه توسط شرکت‌های معتبر کالیبراسیون و یا شرکت‌های نمایندگی به صورت مستمر کالیبره شده و گواهی کالیبراسیون معتبر برای آنها صادر می‌شود. همه یخچال‌ها و فریزرهای نگهداری مواد و کیت‌های آزمایشگاهی، مجهز به سیستم ثبت درجه حرارت و رطوبت‌سنج هستند و تمامی اطلاعات به صورت خودکار در سیستم نرم‌افزار مربوطه ثبت می‌شود.
بر اساس یک روش اجرایی مدون، همه نمونه‌های بیماران به مدت مشخصی در شرایط مناسب نگهداری می‌شوند؛ نمونه ادرار تا ۲۴ ساعت، نمونه CBC تا ۷۲ ساعت، نمونه سرم تا یک ماه، و غیره. به این ترتیب در صورت درخواست پزشکان محترم، نمونه‌های نگهداری‌شده مورد ارزیابی مجدد قرار گیرند. طی کلیه مراحل نمونه‌برداری، انجام آزمایش‌های کنترل کیفی، تصدیق و تأیید مسئولین فنی، نتایج آزمایش‌های بیماران با شرایط بالینی و سوابق آنها مطابقت داده شده و بر حسب ضرورت و با هماهنگی پزشکان معالج و بیمار، آزمایش‌ها با نمونه جدید به صورت رایگان تکرار شده و پس از اطمینان از صحت نتایج به دست آمده، به پزشک و بیمار ارائه می‌شود.
به‌منظور دستیابی به استانداردهای ملی و بین‌المللی، کلیه بخش‌های فنی آزمایشگاه پاتوبیولوژی نانو با همکاری آزمایشگاه مرجع سلامت وزارت بهداشت و درمان به صورت دوره‌ای و با نمونه‌های کنترلی مراکز استانی و خارجی EQAP مورد ارزیابی قرار می‌گیرند.
در سیستم مدیریت کیفیت تمامی فرآیندهای آزمایشگاه پاتوبیولوژی نانو، مستندسازی شده و شاخص‌های مربوط به‌صورت مستمر تحت پایش و اندازه‌گیری قرار دارند که منجر به اطمینان از عملکرد بخش‌های مختلف آزمایشگاه می‌شود. همچنین ارتباط مستمر واحد نظارت و ارزیابی آزمایشگاه نانو با پزشکان محترم بالینی نقش بسیار مهمی در ارزیابی و بازنگری فنی عملکرد آزمایشگاه دارد.
