باکتری کلستردیوم دیفیسیل نوعی باکتری اسپوردار غیرهوازی و بخشی از فلور نرمال مجاری گوارشی است که با مصرف آنتیبیوتیک برای درمان بیماریهای دیگر، بر جمعیت سایر فلور نرمال غالب میشود و عامل اسهال ناشی از آنتیبیوتیک فرم خفیف تا شدید و کولیت غشای کاذب، یک التهاب شدید کولون، خصوصاً در افراد مسن است.
کولیت غشای کاذب ناشی از سویههای مولد توکسین این باکتری است. شناسایی آنتیژنهای توکسین در نمونههای مدفوع، یک شاخص معتبر از سویههای توکسینزا است. وجود توکسین نشانگر وجود بیماری است. جدا نمودن باکتری C.difficile ممکن است در ۵ تا ۲۱ درصد از افراد بالغ نرمال، و نیمی از نوزادان سالم مشاهده شود.